A continuación, el ADN del VIH es llevado al núcleo de la célula (centro), donde ésta guarda su ADN. Luego, otra enzima viral denominada integrasa oculta el ADN proviral dentro del ADN de la célula. Entonces, cuando la célula trata de producir nuevas proteínas, puede producir accidentalmente nuevos VIH.

Los inhibidores de la integrasa, una nueva clase de medicamentos que se encuentra en las primeras etapas de investigación pueden bloquear la integración.